MapFace - a graphical editor for MetaMap Transfer (MMTx)

Abstract

Medizinische Leitlinien zu formalisieren und zu modellieren, sodass sie automatisiert verarbeitet und ausgewertet werden konnen, ist eine komplexe, aber sehr wichtige Aufgabe, da die automatische Ausfuhrbarkeit von Leitlinien die Anwendung des best-moglichen medizinischen Wissens bei der Patientenversorgung ermoglicht, ohne diese aufzuhalten.<br />Bevor aber der medizinische Text in eine solche Form gebracht werden kann, ist es wichtig, ihn so aufzubereiten, dass sein Inhalt, d.h. die enthaltenen medizinischen Konzepte, eindeutig identiziert und beschrieben werden, um eine korrekte Interpreptation zu gewahrleisten.<br />Semantische Annotationssysteme erkennen die medizinischen Konzepte in Leitlinien und ordnen ihnen entsprechende Konzepte aus medizinischen Terminologien, wie z. B. dem UMLS® Metathesaurus®[36] zu, die wiederum notwendige zusatzliche Informationen enthalten. Aufgrund der Mehrdeutigkeit von freisprachlichen Texten kann die korrekte automatische Identi- kation und Zuordnung von medizinischen Konzepten mit Hilfe dieser Systeme vermutlich nie vollkommen gewahrleistet werden. Da aber gerade auf einem so sensiblen Gebiet wie der Medizin die absolute Fehlerfreiheit von Ergebnissen mageblich ist fur ihre weitere Verwendbarkeit, ist es unbedingt notwending, dass diese von ExpertInnen kontrolliert und gegebenenfalls korrigiert werden.<br />Daher habe ich einen Editor fur das MetaMap Transfer (MMTx) Programm [2, 3] entwickelt, der medizinischen ExpertInnen diese Arbeit ermoglicht, ohne spezielle Kenntnisse auf dem Gebiet der Informationsverarbeitung vorauszusetzen. MapFace wurde entworfen, um sowohl die Bearbeitung der Ergebnisse von MetaMap auf einfache Weise zu gewahrleisten, als auch die Verfugbarkeit und Visualisierung aller verknupften Informationen auf einen "Maus-Klick" anzubieten.<br />

It is a complex but very important task to formalize a clinical practice guideline and model it into a representation that can be executed and utilized automatically, since the automatic execution of guidelines at the point-of-care ensures the best available scientic evidence without interrupting clinical work ow. Before a medical text can be translated into such a model, it is necessary to pre-process the text, so that its contents, i. e. the existing medical concepts, can be identied and described unambiguously in order to ensure a correct interpretation.<br />Semantic Annotation Systems extract medical concepts from the text of guidelines and map them to concepts from medical terminologies, such as the UMLS®Metathesaurus®[36], which contain important additional information. Due to the ambiguity of free text, the correct and automatic identication of medical concepts and the corresponding mapping generated with the help of these systems will probably never be completely correct.<br />Since medical care is an extremely sensitive discipline, the complete reliability of results is crucial for their usability for further processing, which makes it absolutely necessary for experts to controll these results and to modify them, if necessary.<br />This fact led me to develop an editor for the MetaMap Transfer (MMTx) program [2, 3] that enables experts in medical science to solve this task without requiring special skills in information processing. MapFace was designed to realize an easy way to edit the MetaMap results as well as to provide access to all assigned information by a single "mouse-click" in combination with a clearly arranged visualization of the acquired information.