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<div class="csl-entry">Schaffer, D. (2020). <i>Evaluation and testing of fungal cluster border prediction based on computational molecular evolution (FunOrder) program</i> [Diploma Thesis, Technische Universität Wien]. reposiTUm. https://doi.org/10.34726/hss.2021.72480</div>
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dc.identifier.uri
https://doi.org/10.34726/hss.2021.72480
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dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/20.500.12708/16629
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dc.description
Abweichender Titel nach Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers
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dc.description.abstract
FunOrder (Fungal cluster border prediction based on computational molecular co-evolution) ist ein Genome Mining Programm, welches die evolutionäre Verbindung zwischen Genen und Gencluster aus Pilzen untersucht. Während des Projekts sollte das Programm durch die manuelle Auswertung phylogenetischer Bäume von Genen aus experimentell ermittelten pilzlichen biosynthetischen Gencluster (BGC) als Positiv- und aus zufällig generierten Cluster als Negativkontrollen evaluiert werden. Die daraus erzielten Daten wurden anschließend verwendet, um die koevolutionären Grenzen von Proteinfamilien in Gencluster von Pilzen zu definieren. Ziel des Projektes war die Untersuchung und Verifikation, ob FunOrder korrekte Clustergrenzen in Pilzen vorhersagen kann und damit als neues Tool zur Entdeckung von neuen Sekundärmetaboliten geeignet ist.
de
dc.description.abstract
Fungal cluster border prediction based on computational molecular co-evolution (=FunOrder) is a genome mining program which finds evolutionary connections between fungal genes and hence, find genes involved in the biosynthesis of a compound. During this project, the program was evaluated by manually examination of phylogenetic trees based on the genes within experimentally validated fungal biosynthetic gene clusters (BGC) as positive controls and genes from randomly generated clusters as negative controls. The evaluation data was then used to define the borders of co-evolution between protein families within BGCs in fungi. The aim of the project was to verify if FunOrder has the ability to predict correct fungal cluster borders and therefore can contribute to the research for novel secondary metabolites.
en
dc.language
English
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dc.language.iso
en
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dc.rights.uri
http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/
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dc.subject
FunOrder
de
dc.subject
Geneclustergrenzen
de
dc.subject
Sekundärmetaboliten
de
dc.subject
FunOrder
en
dc.subject
gene cluster borders
en
dc.subject
secondary metabolites
en
dc.title
Evaluation and testing of fungal cluster border prediction based on computational molecular evolution (FunOrder) program
en
dc.title.alternative
Evaluierung und Testung des FunOrder Programms zur Vorhersage von evolutionären Clustergrenzen in Pilzen
de
dc.type
Thesis
en
dc.type
Hochschulschrift
de
dc.rights.license
In Copyright
en
dc.rights.license
Urheberrechtsschutz
de
dc.identifier.doi
10.34726/hss.2021.72480
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dc.contributor.affiliation
TU Wien, Österreich
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dc.rights.holder
Denise Schaffer
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dc.publisher.place
Wien
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tuw.version
vor
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tuw.thesisinformation
Technische Universität Wien
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dc.contributor.assistant
Derntl, Christian
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tuw.publication.orgunit
E166 - Institut für Verfahrenstechnik, Umwelttechnik und technische Biowissenschaften