Development and validation of non invasive methods allowing for detection, clarithromycin susceptibility testing and typing of Helicobacter pylori in stool

Abstract

Der Nachweis einer Infektion mit H. pylori unter Verwendung nicht invasiver Methoden hat in den letzten Jahren an Bedeutung gewonnen. Daher wurde ein auf "biprobe"-Technologie basierendes real-time PCR-Protokoll zur Detektion von Punktmutationen auf dem 23S rRNA-Gen von Helicobacter (H.) pylori, die mit Resistenz gegenüber Clarithromycin assoziiert sind, etabliert. Dieses Protokoll ist auch bei Stuhlproben anwendbar. Nach analytischer und klinischer Validierung des 23S rDNA Protokolls wurde dieses in einer klinischen Studie mit einem bereits etablierten monoklonalen Stuhlantigentest verglichen. Des weiteren wurde eine nicht invasive Methode zur Stammtypisierung in H.<br />pylori entwickelt. Diese Methode beruht auf real-time PCR unter Verwendung der Biprobe-Technologie und Sequenzanalyse. Nach der analytischen Validierung des Stammidentifizierungsprotokoll wurden in einer klinische Studie Stuhlproben verwandter bzw. unabhängiger Probanden durchgeführt.<br />

During recent years non invasive methods for the detection of H.<br />pylori gained in importance. Therfore, a real-time PCR assay allowing for both specific detection of H. pylori infection and determination of point mutations in the 23S rRNA gene responsible for clarithromycin resistance using the biprobe technology was developed which is applicable to gastric biopsies as well as to stool specimens. After analytical and clinical validation in comparison to the "gold standard" of H. pylori diagnosis, the 23S rDNA real-time PCR was compared to the well established monoclonal H. pylori stool antigen test in a clinical study with pediatric patients. Furthermore, a non invasive typing method was developed on the basis of biprobe real-time PCR and sequence analysis. After an analytical validation e.g. determination of the limit of detection and the discriminatory capacity between different isolates, a clinical validation with the examination of stool specimens of both unrelated individuals and members of the same family or household followed.